9月16日，第22号台风“山竹”在广东江门台山沿海登陆，登陆时为强台风（14级）并伴随着风暴潮。受强台风影响，自16日起，广东省多地列车停运，其中公司承建的深茂铁路江门段首当其冲受到影响，9月16日全天至9月17日10点停运。
为最大限度地减少此次超强台风对深茂高铁设备带来的不利影响，广州分公司在总部的关心和支持下，“提前预防、精心组织”，第一时间成立了指挥中心和多个应急小组，并由总经理郭进担任指挥中心组长，按照“早准备、早检查、早安排、早落实”的准则，统一调度，统一指挥，提前制定了详细的“抗击台风”应急保障方案。
按照方案部署要求，广州分公司在9月15日派出四个应急小组，分别进驻江门、新会、阳江等地开展应急保障值守，确保随时随地掌握公司在轨设备的运行状况，并对所辖区域内发生的故障问题进行第一时间跟踪处理，全力保障台风前后公司在轨设备运行安全、平稳、可靠。
截至9月17日14时，深茂铁路全线运行恢复正常。